微波是波长为1-1000毫米，频率为几百兆赫到3000兆赫的电磁波。通常，用于医疗废物微波处理设备消毒的微波频率为(2450-50)MHz和(915-25)MHz。当微波穿过介质时，会被介质吸收并产生热量。这种介质称为微波吸收介质，比如水，是微波的强吸收介质之一。而当微波能量穿过介质，不容易被介质吸收时，这种介质就是微波的良导体，在这种介质中产生的热效应很低。热能的产生是通过物质分子每秒数十亿次的振动和摩擦产生热量，从而达到高热消毒的作用；同时，微波还具有电磁场效应、量子效应和超导性，影响微生物的生长和代谢。一般含水的物质对微波有明显的吸收作用，升温快，消毒作用好。微波的消毒机理尚无定论，正确认识微波消毒机理，应从如下几方面了解：
（1）微波快速穿透作用和直接使分子内部摩擦产热显示出良好的热效应作用。消毒废物采用防热扩散密封包装有益于包内热量积累充分发挥热效应。
（2）微波的场效应，生物体处于微波场中时，细胞受到冲击和震荡，破坏细胞外层结构，使细胞通透性增加，破坏了细胞内外物质平衡。电镜下可见到细胞肿胀，进而出现细胞质崩解融合致细胞死亡。
（3）量子效应，微波场中量子效应波主要是催发水分子产生H2O2和其他自由基，形成细胞毒作用。这种作用可使细胞内各种蛋白、酶、核酸等受到破坏。另外，光子可以增加分子动能，促进热反应。
（4）微波以外的因素，在充分保证微波能量和作用时间的条件下，消毒废物的包装、合适的含水量、负载量以及废物的性质等都是改变微波消毒成果的重要因素。
综上所述，医疗废物微波处理设备的微波消毒是以热效应为主，非热效应为辅，通过多种效应共同作用的结果。
